Dėl ligos ar patologinės būklės negalinčių mokytis Centre specialiųjų ugdymosi poreikių turinčių mokinių mokymo namuose ugdymo turinys formuojamas parenkant ugdymo sritis, pritaikant dalykų programas pagal šių mokinių gebėjimus, ugdymosi poreikius ir atsižvelgiant į gydytojų rekomendacijas. Mokiniai mokomi namuose tik rekomendavus gydytojų konsultacinei komisijai. Mokiniams, turintiems vidutinį, žymų ir labai žymų intelekto sutrikimą, ugdomiems pagal pradinio ar pagrindinio ugdymo individualizuotą programą, mokyti namuose skiriamos 8 valandos/pamokos per savaitę.
Ugdymas organizuojamas atskiromis veiklomis:
- komunikacinės,
- pažintinės,
- orientacinės,
- fizinės,
- meninės ir dorinės veiklos sritimis.
Iš jų 1 ugdymo valanda skiriama specialiosioms pratyboms ar specialiajai pedagoginei pagalbai teikti.
Turintiems judesio ir padėties sutrikimų mokiniams, mokymui namuose 2 valandos per savaitę skiriamos gydomajai mankštai.
Mokinį namuose ugdo specialusis pedagogas, kuris atsižvelgdamas į individualius vaiko gebėjimus ir reikmes, individualiai pritaiko mokiniui Bendrąją pradinio ar pagrindinio ugdymo programą, lavina jo gebėjimus ir įgūdžius.